Perang di Kurukshetra dalam pewayangan Jawa biasa disebut dengan nama Baratayuda. Kisahnya diadaptasi dan dikembangkan dari naskah Kakawin Bharatayuddha yang ditulis tahun 1157 pada zaman Kerajaan Kadiri. Versi pewayangan mengisahkan, Gatotkaca sangat akrab dengan sepupunya yang bernama Abimanyu, putra Arjuna. Abimanyu menikah dengan Utari putri Kerajaan Wirata, setelah ia mengaku masih perjaka. Kenyataannya, Abimanyu telah menikah dengan Sitisundari putri Kresna. Sitisundari yang dititipkan di istana Gatotkaca mendengar kabar bahwa suaminya telah menikah lagi. Paman Gatotkaca yang bernama Kalabendana datang menemui Abimanyu untuk mengajaknya pulang (Kalabendana adalah adik bungsu Arimbi yang berwujud raksasa bulat kerdil tetapi berhati polos dan mulia). Hal itu membuat Utari merasa cemburu. Abimanyu terpaksa bersumpah bahwa jika dirinya memang telah beristri selain Utari, maka ia rela mati dikeroyok musuhnya di kemudian hari. Kalabendana menemui Gatotkaca untuk melaporkan sikap Abimanyu. Gatotkaca justru memarahi Kalabendana yang dianggapnya lancang mencampuri urusan rumah tangga sepupunya itu. Karena terlalu marah, Gatotkaca memukul kepala Kalabendana. Mekipun perbuatan tersebut dilakukan tanpa sengaja, namun pamannya itu tewas seketika.
Ketika perang Baratayuda meletus, Abimanyu benar-benar tewas dikeroyok para Korawa pada hari ke-13. Pada hari ke-14, Arjuna berhasil membalas kematian putranya itu dengan cara memenggal kepala Jayadrata.Duryodana sangat sedih atas kematian Jayadrata, adik iparnya sendiri. Ia memaksa Karna menyerang perkemahan Pandawa pada malam itu juga. Karna berangkat meskipun hal itu melanggar peraturan perang. Setelah tahu bahwa para Korawa melancarkan serangan malam, pihak Pandawa mengirim Gatotkaca untuk menghadang. Gatotkaca sengaja dipilih karena Kotang Antrakusuma yang ia pakai mampu memancarkan cahaya terang benderang. Gatotkaca berhasil menewaskan sekutu Korawa yang bernama Lembusa. Sementara itu dua pamannya, yaitu Brajalamadan dan Brajawikalpa, tewas di tangan musuh mereka, masing-masing bernama Lembusura dan Lembusana.
Gatotkaca berhadapan dengan Karna, pemilik senjata Kontawijaya. Ia menciptakan kembaran dirinya sebanyak seribu orang sehingga membuat Karna merasa kebingungan. Atas petunjuk ayahnya, yaitu Batara Surya, Karna berhasil menemukan Gatotkaca yang asli. Ia pun melepaskan senjata Konta ke arah Gatotkaca. Gatotkaca mencoba menghindar dengan cara terbang setinggi-tingginya. Namun arwah Kalabendana tiba-tiba muncul menangkap Kontawijaya sambil menyampaikan berita dari kahyangan bahwa ajal Gatotkaca telah ditetapkan malam itu. Gatotkaca yang pasrah terhadap takdirnya berpesan supaya mayatnya bisa digunakan untuk membunuh musuh. Kalabendana setuju, kemudian menusuk pusar Gatotkaca menggunakan senjata Konta. Pusaka itu melebur dengan sarungnya, yaitu kayu mastaba yang masih tersimpan di dalam perut Gatotkaca. Setelah Gatotkaca gugur, arwah Kalabendana melemparkan jenazahnya ke arah Karna. Karna berhasil melompat sehingga lolos dari maut. Namun keretanya hancur berkeping-keping akibat tertimpa tubuh Gatotkaca. Pecahan kereta tersebut melesat ke segala arah dan menewaskan para prajurit Korawa yang berada di sekitarnya.